TOMOKO メッシュ編集モード内でのリセットは追加した頂点自体がリセットされますが、メッシュ編集モードから出て設定モード内でメッシュアタッチメントを選択している状態でプロパティ欄にあるリセットボタンを押した場合は変形をリセットできます。
※どちらのボタンも全く同じ名称なので紛らわしいですが、メッシュの変形をリセットできるのはツリービューの下部に表示されているリセットボタンです。
さらに言うと、頂点の数量およびウエイトも保ったまま、変形だけをリセットしたいです。
残念ながら、現在の機能ではそれは不可能です。ユーザーガイドにある通り、設定モードでメッシュの変形をリセットすると全てのウェイトが取り除かれます。
そのため、お手数ですがボーンのバインドとウェイトの再設定を行なっていただく必要があります。
この回答がご参考になれば幸いです。