ご質問を勘違いしてしまい申し訳ありません!テクスチャパッカーの設定でWEBP形式を選択されたということですね。
SkeletonViewerはlibGDXを使用してビルドされていますが、libGDXがWEBP形式に対応していないため、申し訳ありませんがSkeletonViewerではWEBP形式でパックされたテクスチャをロードすることができません。今後SkeletonViewerでWEBP形式のテクスチャに対応するかどうかも、libGDXがWEBPサポートを追加するか否か次第になります。
こちらの件については未だ各種ドキュメントに説明を追加できておりませんでしたので、近日中に更新させていただきます。
ご不便をおかけしてしまい恐れ入りますが、何卒よろしくお願い申し上げます。