ご報告いただきありがとうございます。
現在のところ、同様のバグ報告は他にいただいておらず、いただいた情報を元に再現を試みましたがこちらでは再現が出来なかったため、恐れ入りますが問題が起こる際の状況についてもう少し詳しくお伺いできますと幸いです。以下の点について教えていただけますか？

1.問題が起こる条件は、4.1.14-betaで
・スキンビューで複数のスキンをピンする
・設定モードとアニメ化モードの両方でプレビュービューを表示する
の2つで合っていますか？

2.問題が起こるのは「設定モードを選択中のプレビュービュー内」で合っていますか？またはビューポート(作業エリア)でしょうか？

3.問題はSpineエディターの再起動で直りますか？再起動後も継続しますか？

お手数ですがよろしくお願いいたします。

早速質問へ回答いただき、また、再現用のSpineプロジェクトもご送付いただきありがとうございました。
いただいたプロジェクトに関してはバグが再現できることを確認しましたのでissueチケットを発行しました。
https://github.com/EsotericSoftware/spine-editor/issues/627

調査の結果、設定モード内であっても、そのスキンをアクティブにした場合は問題が起きないところが、スキンビューのピンを使用した場合にだけ問題が起きることなどを確認しましたが、依然他のプロジェクトでは再現が出来ておらず、確認に少々お時間をいただけますと幸いです。
修正が完了しましたらこちらのスレッドで報告させていただきます。
お待たせしてしまい恐れ入りますが、何卒よろしくお願いいたします。

こちらの問題につきまして、4.1.16-betaにて修正されました。
アップデートを行なっていただき、正常に動作するかご確認いただけますと幸いです。
お手数ですが何卒よろしくお願いいたします。